一）正置顯微鏡

1、安放

右手握住鏡臂，左手托住鏡座，使鏡體保持直立。桌面要清潔、平穩，要選擇臨窗或光線充足的地方。單筒的一般放在左側，距離桌邊3～4厘米處。

2、清潔

檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔，鏡身機械部分可用干凈軟布擦拭。透鏡要用擦鏡紙擦拭，如有膠或粘污，可用少量二甲苯清潔之。

3、對光

鏡筒升至距載物臺1～2厘米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動。
若使用的為帶有光源的顯微鏡，可省去次步驟，但需要調節光亮度的旋鈕。

4、安裝標本

將玻片放在載物臺上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定，轉動平臺移動器的旋鈕，使要觀察的材料對準通光孔中央。

5、調焦

調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，并從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本，然后左眼自目鏡觀察，左手旋轉粗調焦旋鈕抬升鏡筒，直到看清標本物像時停止，再用細調焦旋鈕回調清晰。
操作注意：不應在高倍鏡下直接調焦；鏡筒下降時，應從側面觀察鏡筒和標本間的間距；要了解物距的臨界值。
若使用雙筒顯微鏡，如觀察者雙眼視度有差異，可靠視度調節圈調節。另外雙筒可相對平移以適應操作者兩眼間距。

6、觀察

若使用單筒顯微鏡，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰并移動標本視野。右手記錄、繪圖。
鏡檢時應將標本按一定方向移動視野，直至整個標本觀察完畢，以便不漏檢，不重復。
光強的調節：一般情況下，染色標本光線宜強，無色或未染色標本光線宜弱；低倍鏡觀察光線宜弱，高倍鏡觀察光線宜強。除調節反光鏡或光源燈以外，虹彩光圈的調節也十分重要。

（1）低倍鏡觀察

觀察任何標本時，都必須先使用低倍鏡，因為其視野大，易發現目標和確定要觀察的部位。

（2）高倍鏡觀察

從 低倍鏡轉至高倍時，只需略微調動細調焦旋鈕，即可使物像清晰。
使用高倍鏡時切勿使用粗調焦旋鈕，否則易壓碎蓋玻片并損傷鏡頭。
轉動物鏡轉換器時，不可用手指直接推轉物鏡，這樣容易使物鏡的光軸發生偏斜，轉換器螺紋受力不均勻而破壞，*后導致轉換器就會報廢。

（3）油鏡的觀察

先用低倍鏡及高倍鏡將被檢物體移至視野中央后，再換油鏡觀察。油鏡觀察前，應將顯微鏡亮度調整至*亮，光圈完全打開。
使用油鏡時，先在蓋玻片上滴加一滴香柏油（鏡油），然后降低鏡筒并從側面仔細觀察，直到油鏡浸入香柏油并貼近玻片標本，然后用目鏡觀察，并用細調焦旋鈕抬升鏡筒，直到看清標本的焦段時停止并調節清晰。
香柏油滴加要適量。油鏡使用完畢后一定要用擦鏡紙沾取二甲苯擦去香柏油，并再用干的擦鏡紙擦去多余二甲苯。

7、結束操作

觀察完畢，移去樣品，扭轉轉換器，使鏡頭V字型偏于兩旁，反光鏡要豎立，降下鏡筒，擦抹干凈，并套上鏡套。
若使用的是帶有光源的顯微鏡，需要調節亮度旋鈕將光亮度調至*暗，再關閉電源按鈕，以防止下次開機時瞬間過強電流燒壞光源燈。

（二）倒置顯微鏡

倒置顯微鏡與正置顯微鏡的主要區別在于物鏡位于載物臺下方，這樣有利于觀察時在上方對樣品進行一些實時操作。
倒置顯微鏡操作過程基本與雙筒的正置顯微鏡相似，需注意以下幾點：
觀察時可調節鉸鏈式雙目目鏡至舒適的位置。
組織培養液或水濺到載物臺上、物鏡上或顯微鏡鏡架上可能會損傷設備。如果濺上后，應該立即從墻上插座拔下電源線，擦去濺出液或水。
一定要輕柔轉動光強調節鈕，不要試圖將旋鈕轉過終點位置。使用后一定要先將燈的強度調至*小再關電源。
使用后要旋轉三孔轉換器，使物鏡鏡片置于載物臺下側，防止灰塵的沉降。

（三）實體顯微鏡

又稱體視顯微鏡或解剖顯微鏡。操作步驟基本和雙筒正置顯微鏡類似：
取用解剖鏡時，移動需用雙手，保持穩重。若需連鏡箱搬動，應將鏡箱鎖好，同時鏡箱的鑰匙必須拔除。
鏡管上若有防塵罩，應取下并換上目鏡及眼罩。
將樣品置于玻片上或蠟盤中再放到載物盤上待觀察。擰開鎖緊螺絲，把鏡體先上升到一定高度，然后鎖緊鏡體。
觀察前可先轉動目鏡管以適合眼間距。雙眼視度差異可用視覺圈調節。
對焦時，轉動升降螺絲不能太快或強行扭轉，謹防損壞齒輪。
如需放大觀察，再轉動倍率盤直到所需放大倍率。物像越大，光線越暗，必須調好光源選擇好背景物。
用畢后，先將載物盤上的東西拿走，松開鎖緊螺絲將鏡體放下并鎖緊。取出目鏡并換上防塵罩。將元件全部放回，注意不要與其它鏡互換。用布把鏡身擦干凈，放入鏡箱內，鎖緊鏡箱。