一、原理不同

1、熒光顯微鏡：是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。

2、激光共聚焦顯微鏡：在熒光顯微鏡成象的基礎上加裝激光掃描裝置，使用紫外光或可見光激發熒光探針。

二、特點不同

1、熒光顯微鏡：用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光。

2、激光共聚焦顯微鏡：利用計算機進行圖象處理，從而得到細胞或組織內部微細結構的熒光圖象，以及在亞細胞水平上觀察諸如Ca2+、pH值、膜電位等生理信號及細胞形態的變化。